Kefir mleczny jest bogaty w pożyteczne bakterie, wapń, białko i witaminę B12. Jedną z zalet tego napoju jest to, że zawiera niewielką ilość laktozy, która przekształca się w kwas mlekowy, co pozwala uniknąć nietolerancji. Ponadto ziarna kefiru zawierają około 400 milionów mikroorganizmów na gram, z czego ponad połowę stanowią bakterie Lactobacillus.
Kefir pomaga w regeneracji flory jelitowej i jest przydatny przy niestrawności, kandydozie, zaparciach i biegunce, ale także stymuluje mechanizmy obronne organizmu.